企业补充养老保险是企业在国家统一制订的基本养老保险之外，根据自身的经济实力，在履行了缴纳基本养老保险费义务之后，专门为本企业职工建立的附加保险。企业补充养老保险在我国多层次的养老保险体系中处于第二层次，是企业对国家为企业职工实行基本养老保险的补充和完善。
一、关于补充养老保险的企业所得税问题
1、国家税务局《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）文件规定，自 2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
2、税前扣除注意事项：
（1）补充养老保险费/补充医疗保险费扣除限额＝职工工资总额*5%，超限额的部分不得税前扣除；
（2）“工资薪金总额”，是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和（应发工资口径），不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
（3）计提的补充养老保险费、补充医疗保险费不得税前扣除，但企业在年度汇算清缴结束前向员工实际支付的已预提汇缴年度补充养老保险费、补充医疗保险费，准予在汇缴年度按规定扣除。
（4）强调全体员工
补充养老保险费的缴费对象是为在本企业任职或者受雇的全体员工，而企业年金采取的是自愿的原则，并不一定涉及所有职工。国家税务总局纳税服务司在2011年10月31日对“企业只为部分高管支付的保险费，能否按照工资、薪金总额的5%在企业所得税前扣除？”问题的回复意见中“企业仅为部分人员支付上述保险费，则不得在企业所得税前扣除。”
二、补充养老保险的个人所得税问题
补充养老保险费在《企业会计准则》中称为企业年金。《企业年金试行办法》第二条规定，企业年金是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险制度。
根据《财政部、人力资源社会保障部和国家税务总局关于企业年金、职业年金个人所得税有关问题的通知》（财税[2013]103号），自2014年1月1日起，对于企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费（企业年金）以及职工缴付的年金，涉及的个人所得税处理规定如下：
（1）企业根据国家有关政策规定的办法和标准，为职工支付的补充养老保险费，在计入个人账户时，个人暂不缴纳个人所得税。
（2）个人根据国家有关政策规定支付的补充养老保险费，在不超过本人缴费工资计税基数的4%标准内的部分，暂从个人当期的应纳税所得额中扣除；
（3）超过上述第1项和第2项规定的标准支付的单位、个人部分，应并入个人当期的工资、薪金所得，交纳个人所得税。
（4）年金基金投资运营收益分配计入个人账户时，个人暂不缴纳个人所得税。
（5）个人达到国家规定的退休年龄，按月领取的年金，全额按照“工资、薪金所得”项目适用的税率，计征个人所得税。按年或按季领取的年金，平均分摊计入各月，每月领取额全额按照“工资、薪金所得”项目适用的税率，计征个人所得税。
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